Usar XML o una Base de Datos son solo opciones, no hay respuesta absoluta de cuál es mejor, todo es relativo.
Ya monoswim mencionó cuestiones importantes como la facilidad de una BD para realizar búsquedas, el volumen de datos a manejar (con XML se puede complicar) y la diferencia de modelos de ambas opciones (Relacional - Jerárquico). Te tocará valorar la mejor opción para lo que realices.
A manera personal, para lo que explicas, no le veo mucha relevancia entre tomar una u otra e incluso una tercera como el manejo de archivos planos con el establecer un estilo en los nombres de archivos... lo que manejes mejor, lo que entiendas mejor, lo que se te adapte mejor, será la mejor opción.
Saludos
