Holaaaa
Yo tenía el mismo problema.Primero te recomiendo que mires si puedes maquetar tu página utilizando porcentajes % en lugar de px.
Para solucionar las diferencias en margin, padding, etc que me surgían a mi entre firefox y explorer decidí utilizar los comentarios condicionales para explorer.
Tienes ejemplos en:
http://www.manual-html.com/codigos-h...onales-ie.html
De paso que te doy esta solución me gustaría saber si opinais que es la adecuada o es mejor hacer cualquier otra cosa.
Gracias a todos!Un saludo