Hola,
Bien, de la forma que yo lo he hecho (no pretendo decir que sea la mejor), he creado dos tablas en la BD:
1) Creo dos tablas : "Foro_Exponen" (con un campo autoincremental para cada nuevo mensaje) y "Foro_Responden".
2) Se muestran todos los mensajes en una tabla con un bucle, en el que se va creando un enlace para cada uno de ellos con el asunto del mensaje, y pasando una variable con su código correspondiente:
2) Cuando un usuario entra en el mensaje introducido por otro, y hace click en la opción para responder, a la hora de insertar la respuesta guardo en la tabla "Foro_Responden" el código del mensaje al que está asociado.
Espero haberte sido de ayuda.
Si alguien conoce alguna forma mejor me gustaría saberla