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Lamentablemente es algo que no podrás hacer así de fácil ya que el contenido de los scripts que cargas .... son muchas variables dificiles de controlar..... algo que me ha funcionado a mi es.
eliminar variables innecesarias con
delete variable; pero en tu caso.. cuando un TAGSCRIPT las variables que tienes dentro no puedes borrarlas tampoco de con delete, aunque remuevas el tagscript.... entonces algo para solucionar eso sería...
Código PHP:
java1="var segundos=1000;function algo..blablabla";
setTimeout(java1,0); // interpreta java1
Y para eliminar y poner un siguiente fragmento javascript... tendrías que borrar TODAS las variables que creaste... y es aquí hasta donde llego. porque... no veo la forma de recorrer esa cadena... talvez con expresiones regulares a la variable java1 reconociendo cuales fueron variables,funciones,objetos, etc.
La otra forma sería que crees un objeto literal a lo que vayas a hacer.
Código PHP:
java1="var loqueCargo={segundos:1000,algo:function(){..blablabla}";
de esta forma solo tendrías que hacer
delete loqueCargo y borraras todo el arbol...
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