Si estas con SSL estas seguro, ahora veo que tu dices que sacas el valor por la base de datos, como te digo es igual, un class compilado lo descompilas en menos de 1 segundo, ya que esta en Java Bytecode (no en 01 como ZendEncoder) asi que si quieres seguir con la travesia tendras mas problemas.
Ahora la estructura que tu planteas no se puede hacer asi, tendrias que hacer un webservice y leerlo desde PHP algo asi:
Código PHP:
$miVar = get_url( "http://mipagina/archivo.jsp" );
Porque el archivo en Java se tendria que contactar con tu server y devolverte la variable.
Saludos.