Ya lo logre!, posteo aquí la solución:
Sabiendo que hacer es simple, tienes que editar el archivo httpd.conf que se encuentra en usr/local/apache/conf (yo tengo un plan VPS), y recomiendo el programa WinSCP como editor.
La linea a editar es la siguiente (en rojo) por cada subdominio
ServerAlias
www.subdominio.dominio.com
ServerAdmin
[email protected] DocumentRoot /home/dominio/public_html
BytesLog domlogs/suddominio.dominio.com-bytes_log
ServerName suddominio.dominio.com
Una vez editado el archivo tienes que reiniciar el servidor Apache para que tome los cambios.
P.D.: Antes de editar el archivo HTTPD.CONF, por favor, HAZ UN BACKUP DEL MISMO.