Bien, ahora esta más claro. Lss columnas laterales no tienen contenido solo rellenan con un color el espacio, de lo contrario ni los porcentajes ni las plantillas que te recomendaron te permitirán poner contenido si te pasas a 800 x 600. Ahora , que es eso de que no te alinea bien? yo probé con Firefox 2 e IE 7 y no veo diferencias, se más explicito. Mientras tanto un par de descargas recomendadas
Si usas IE 7
Internet Explorer Developer Toolbar en
http://www.windowsmarketplace.com/details.aspx?view=info&itemid=2695980
mientras que para firefox
Web Developer Toolbar http://chrispederick.com/work/web-developer/
Saludos