Entonces quedaría así:
Código PHP:
<script>
function SetContainerHTML(id_contenedor,responseText)
{
mydiv = document.getElementById(id_contenedor);
mydiv.innerHTML = responseText;
var elementos = mydiv.getElementsByTagName('script');
for(i=0;i<elementos.length;i++) {
old=document.getElementById('prefix'+i);
if(old)mydiv.removeChild(old)
var elemento = elementos[i];
nuevoScript = document.createElement('script');
nuevoScript.text = elemento.innerHTML;
nuevoScript.type = 'text/javascript';
nuevoScript.id = 'prefix'+i;
if(elemento.src!=null && elemento.src.length>0)
{nuevoScript.src = elemento.src;}
elemento.parentNode.replaceChild(nuevoScript,elemento);
}
}
</script>