Hola,
según yo, nada más es cosa de ir haciendo un paso a la vez en AJAX. Es decir: mandas un httprequest para hacer un paso, recibes la respuesta, incrementas el contador; mandas un segundo httprequest, recibes la respuesta, incrementas el contador; etc. Habría que probar la eficiencia de esta estrategia, aunque se me hace mejor que mandar actualizar varios registros de una vez y esperar a que PHP termine con todos.
Por cierto, si no tienes una librería preferida para hacer AJAX yo soy de los que recomiendan
Prototype, pero lo que gustes estará bien

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saludos