mmm por que no en lugar de que en empleado_adicionar_nomina.php ya tengas
<table>
<tr>
<td><script>DateInput('fecha', true, 'YYYY-MM-DD','<?echo $fecha?>')</script></td>
</tr>
</table>
lo generas dinamicamente y a la vez que haces eso y le asignas esa esa funcion? lo que no entiendo es que el lo que hace ese ><script>DateInput('fecha', true, 'YYYY-MM-DD','<?echo $fecha?>')</script>, haces que se ejecute al momento de cargar?