Tendrás que buscar en el código alguna línea que cambie la propiedad de visibility (la tendría que cambiar de "visible" a "hidden").
Bueno, para lo que te interesa no tienes que cambiar la propiedad visibility, sino la display. Desde "none" a "".
Luego busca algo con esta estructura
Código:
referenciaAcapa.style.visibility = "hidden";
referenciaAcapa.style.visibility = "visible";
y reemplazarlo respectivamente con algo como esto:
Código:
referenciaAcapa.style.display = "none";
referenciaAcapa.style.display = "";
Con eso las capas ocultas no ocuparán lugar en la página, desaparecerán, junto con el espacio que ocupaban.
Un saludo.