Tu problema es que estas ejecutando ese codigo de agregar un numero a comentarios por cada fila de tu base de datos, si tienes 7 filas, se va a ejecutar ese UPDATE 7 veces y como es +1 terminas con el valor de 14.
Necesitas pensar bien tu algoritmo y que es lo que quieres hacer, o en dado caso veo que tienes un campo $idfile, ajusta tu consulta para que solo actualize ese campo asi:
Código:
UPDATE config SET comentarios=comentarios+1 WHERE tipo='estadisticas' AND idfile=$row['idfile']
Saludos.