Hola Jamón.... si te da 99 es por que es el número mayor, quizas el 100 lo tienes en la tabla, pero fuera de las condiciones que planteas en el WHERE de la consulta. Por que no pruebas esto?
Código:
select max(reason_cd)
from wks_reason
where LTrim(RTrim(reason_type_cd)) in('PAST_DUE','CR_BAL_REF','FV_OVR_RSN','FV_CUS_SA T')
Saludos!