Hola wall,
Supongo que ya es algo tarde y a éstas alturas ya habrás dado con la solución pero por si no lo has hecho revisa la paleta "Optimizar" de ImageReady y asegurate de que el formato en el que guardes la animación sea en .gif, que la tranparencia esté activada y que escojes el color de fondo que utilizas como color de transparencia para que no se noten los bordes. Yo he hecho unas cuantas animaciones y cuando me fallan....
suele ser por eso.
Un saludo