El error es sencillo: debes de poner dentro de esas instrucciones el estilo como tal, no la vinculación de estos.
NO
Código:
<!--[if ie6]>
<link href="imagenes/css-ie-6.css" type=text/css rel=stylesheet>
<![endif]-->
SI
Código:
<!--[if ie6]>
<style>
position:absolute;
left:558px;
top:95px;
visibility:hidden;
z-index:300;
</style>
<![endif]-->
Ten mucho cuidado si tienes margenes a la izquierda pues IE 6 siempre las duplica.
Saludos