Davilin,
Creo que el mensaje es bastante claro, estas intentando cambiar permisos a algo que no existe, o que el sistema no puede ver:
Cita: -> 550 Could not change perms on "upload": No such file or directory
Verifica las rutas, puedes usar 3 formas para cambiar los atributos de archivos, mediante un cliente FTP, por SSH desde la consola, o desde un administrador de archivos. Trata de agotar esos recursos, no has consultado al Soporte de tu proveedor de Hosting?
Saludos,