El encendido a traves de WOL es desde el punto de vista de el pc apagado, pero con la nic compatible con wol, independiente de el OS.
Que yo sepa solo se puede hacer dentro de un dominio de broadcast.
Una url sobre el tema, que usa java (multiplataforma, independiente de el OS)
http://www.jibble.org/wake-on-lan/
salu2