Cita: Estas usando CPANEL11?
Esa versión aunque nueva, pero no es muy estable aún.
Depende en que release lo estés usando, en EDGE Y CURRENT es inestable casi siempre, sin embargo el tree RELEASE es bastante estable al momento, por otro lado, lo único que afecta la actualización de v.10 a v.11 en relación a los paquetes (Packages) es un pequeño bug en los nombres de los paquetes que contienen espacios, este no es el caso.
Lo mejor en estos casos es simplemente acudir al proveedor antes que a los foros, suelen dar respuestas más rápidas y tienen acceso al servidor (cosa que aquí no) para investigar.
Saludos,