Pues a mi lo que se me ocurre es lo siguiente:
Código PHP:
$factura=58; //Ejemplo = 0058
$tamNumero = strlen($factura);
if($tamNumero==1)
$factura = "000$factura";
elseif ($tamNumero==2)
$factura = "00$factura";
elseif ($tamNumero == 3)
$factura = "0$factura";
echo $factura;
espero te de una idea
Saludos