La velocidad de la conexion si depende del lenguaje, en este caso JAVA, es muy bueno y robusto, a mi parecer muy bueno y rapido.
Pero depende aun mas de la conexion que haya entre las dos maquinas y el ancho de banda para la tranferencia de datos
Ahh otra cosa tambien depende del manejador de la base de datos, por ejemplo MYSQL es rapido junto con JAVA al = que PHP, te sugiero que revises estas graficas de rendimiento de conexiones JDBC.
http://devloop.org.uk/documentation/...inuxDatabases/