Hola
cala932, de hecho si sería posible, pero el único inconveniente es que tendrías que tener instalados ambos manejadores mysql4 y mysql5. Sin embargo si usas mysql4 ... el dbdesigner4, si aún lo consigues free ... te funcionaría perfecto!
Entornos parecidos al dbdesigner la verdad no he encontrado. He usado el TOAD (cuya versión para Oracle es de lo mejor), sin embargo su versión para mysql está un tanto deficiente ... hay algunos tipos de datos que no te permite crear, pero para Stored Procedures está muy bien ... sin embargo si usas Stored Procedures y los intentas importar en phpMyAdmin ... truena ...
Si aceptas un consejo ... prueba cada GUI que puedas por una semana o algo así ... y vé cuál te acomoda mejor para cada cosa ... hay algunos que sinceramente desde el principio de decepcionan, y habrá algunos que te acomoden perfecto y a otros no ... en gustos se rompen géneros ...
Suerte