La idea general es esta ... Tienes:
1) Form desde el que subirás el archivo (script A)
2) Página con la animación que quieres mostrar (script B)
3) Script en el que procesas la subida del archivo (script C)
Cuando el usuario haga click en el submit para subir el archivo (script A), haces un
window.open para abrir en un popup la animación (script B) ... finalmente después de procesar el upload del archivo (script C) cierras la ventana que abriste en el form (script A)
Espero te sirva
saludos