En las Faq's tengo un videotutorial que explica cómo usar el SUPER, para eso que dices solo es cuestión de arrastrar el archivo al espacio blanco de la parte de abajo del programa... Pero una cosa, depende mucho de cómo se haya creado ese FLV el que la codificación sea correcta o no, y para saber...
Yo sigo usando el RIVA para eso, bueno, Yo no codifico archivos flv

Esos son solo para salida, no para conversión