La herramienta es muy buena, pero pues el problema es que solo es para mysql 4 y anteriores ... para mysql 5 ... necesitas DBDesigner5 ... pero la herramienta dejó de ser gratuita ... lo que me pareció terrible y eso hizo que dejara de usarla, ahora uso "MySQL Query Browser" para consultas y el "phpMyAdmin" para creación de tablas y relaciones ...
Suerte