rellenar datos con json

[chuspinete]

tengo una pagina que tiene unos filtros que carga los datos de una base de datos y los paso a json y luego relleno varios capas y alguna tabla de la pagina con esos datos.
Me surge la duda: donde pinto el html? en el archivo php? en el archivo js?
como pinto la tabla?

si alguien conoce algun ejemplo de aplicacion de php-prototype-json se lo agradeceria mucho.

gracias