duda: archivos y estructuras anidadas en c

[fightmx]

OJO:

for(j=1;j<=2;j++) <-- Necesitas corregir los valores que toma j
for(i=1;i<=2;i++) <-- Igualmente para i
fwrite(&par[i],sizeof(PARALELO),1,univ); <-- Estás seguro que debe ser ¿¿ &par[i] ??

Y por último en esta línea :
strcpy(par[j].letra,nombre);
La mayoria de las veces estarás escribiendo datos mas allá del espacio reservado para 'letra' asi que lo mas recomendable es que intentes corregirlo.

Saludos Kensou.