Hola:
La primera parte sería usando el método toLowerCase() del objeto String:
var articulo=prompt("Ingrese la categoria del articulo","").toLowerCase();
Y para lo segundo yo harñia una funcioncilla:
function existe(array, dato) {
var ok = false;
for (var i = 0, total = array.length; i < total; i ++)
ok = ok || array[i] = dato;
return ok;
}
Y tu if sería:
if (existe(categoria, articulo))
Saludos
