Hola pablobiogeo, bienvenido a los foros
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El comando para copiar es copy [origen] [destino], pero si debes incluir subdirectorios es mejor usar xcopy... (con la opción /s para copiar subdirectorios), pero es mejor primero ver las posibles opciones usando /? con el comando... aunque con los archivos dañados no creo que sea fiable, tal vez debeas usar chkdsk (hace bastante que no trasteo con el DOS)
Saludos
