pequeña duda con consulta para un buscador simple

[axz]

Mmmm ... lo siento copié tu consulta, no estoy seguro de que el %s funcione fuera de comillas, intenta con esto:

SELECT *
FROM documentos
WHERE asunto LIKE CONCAT('%%', '%s', '%%')
OR referencia LIKE CONCAT('%%', '%s', '%%')

que a final de cuentas sería lo mismo que esto:
SELECT *
FROM documentos
WHERE asunto LIKE '%s%'
OR referencia LIKE '%s%'

ojalá te funcione