Yo usando windows funciona perfectamente...
Código PHP:
<?
$Programm = "ffmpeg";
$FileVideo = "Demo.flv";
$SegCaptura = "00:00:01";
$FormatImg = "singlejpeg";
$NmsFrames = 1;
$Salida = "NewImg.jpg";
system("$Programm -i $FileVideo -ss $SegCaptura -f $FormatImg -vframes $NmsFrames -y $Salida");
?>
este es el codigo que estoy usando, bueno nada del otro mundo como uso w2k uso la funcion system para ejecutar comandos.
... tal ves te pueda ayudar en algo..
Saludos.-