Bueno dándole vueltas al coco, he visto que los mensajes que esperan moderación tienen el campo
comment_approved=0
Así que creo que con ésta query desde PHPMyAdmin deberían eliminarse todos:
Código:
DELETE FROM `tabla_comments` WHERE `tabla_comments`.`comment_approved`='0';
Prueba y ya me comentas que tal te fué. Recuerda que tabla_comments debe ser el nombre de tu tabla de comentarios en wordpress. Un saludo.