Hola,
quizás ya lo hayas intentado pero prueba a meter el <div id="footer"></div> dentro del contenido.
Así yo creo que quedaría superpuesto al contenido.
Y, quizás, para asegurar de que el footer se mantiene abajo creo que si le aplicas el estilo "margin-bottom:auto", lo empuja hacia la parte inferior de la capa "contenido".
Pero no sé, es algo que se me ha ocurrido ahora, no sé si te funcionará...