WoW!!... vaya cambio de estilo, mola :D
Bien, al tema, espero haberte entendido bien:
Te comento rápidamente y no desde la autoridad de un profesional, solo lo que por ahora recuerdo.
Empecemos por... lo típico, en IE no "fallan" las listas, lo comento más tarde, pero sí es verdad que es menos estándar y avanzado que Firefox, Safari... Es el único y eterno problema, hasta que Microsoft ha decido aceptar los estándares en contra de su código propietario han tenido que pasar 6 navegadores y que llegue alguno que le haga frente: Firefox.
IE6 e inferiores tienen problemas a la hora de importar estilos, que no es del todo correcto la definición que usas, te explico:
Cuando usas un vínculo para una hoja de estilo
Código HTML:
<link rel="stylesheet"...
lo que haces es VINCULAR la Hoja de Estilo.
Cuando usas
Código HTML:
<style type="text/css">
<!--
@import url(css/estilo.css)
-->
</style>
lo que haces es, ahora sí, IMPORTAR.
Y es importante por esto mismo, las versiones menos estándares o avanzadas de IE y creo que Opera 7 y anteriores tienen problemas a la hora de importar CSS COMO PRIMER ESTILO... a veces no los cargan hasta alguna "recarga" del documento, otras veces se lían con las rutas, relativas o absolutas, de los archivos CSS y también suelen tener problemas a la hora de "dar prioridades" a esas hojas de estilo.
Sabemos que la última hoja es la que tendrá más especificidad y que sus reglas, digamos, sobrescribirán a las anteriores.
Repito, es lo que tengo entendido más o menos y que alguien me corrija sino es así pero el modo exacto como se comportan estos navegadores en este sentido es algo aleatorio y complicado.
Por eso se suelen recomendar dos técnicas principalmente:
- Una:
- vincular primero una hoja de estilo básica, lo cual siempre es recomendable como hoja de estilos para navegadores antiguos (que no comprendan CSS anvanzado) e incluso que sirva para impresión.
- Y añadir después la importación de una hoja de estilo avanzada.
Esto, obviamente, es opcional pero si se usa la técnica es lógico darle algún sentido práctico ;)
- La segunda técnica, quizás la más segura, consiste en IMPORTAR la hoja de estilo avanzada (repito de nuevo que es opcional el que sea avanzada o no) en la primera hoja de estilo VINCULADA AL DOCUMENTO.
Así en tu (X)HTML, JSP (que desconozco así que...) o documento del tipo que sea, habría una única Hoja de Estilos vinculada que teóricamente no debería acarrear ningún problema en ninguno de (según Zeldman) los navegadores comercializados en este siglo 
Por eso, me temo que cuando "incrustas" el CSS en el documento sí que funciona.
El resto:
No tengo conocimientos sobre JSP aunque tampoco tengo muchos del resto de lenguajes xDDD
Pero que yo sepa, IE no tiene ningún problema... digamos grave con las listas, quiero decir que UL, OL y LI, DL, DT, y DD SÍ funcionan en IE, lo que al parecer no funciona supongo que es tu código.
Sabemos que IE6- aplica sangrados, márgenes y estilos por defecto a las listas pero como digo... no es que sea un problema "grave" como podría ser el Modelo de Cuadro de IE5-...
En este sentido, habría algunas otras técnicas, siempre estándares, que podrían servir en referencia a IE y sus "caprichos", si eso lo comentamos aunque en foros del web creo que la temática sobre IE vs Firefox, etc... es bastante amplia ;)
En fin, espero haber ayudado algo, un saludo.