¿NTFS maneja XP? no , al revés, todos los windows NT (XP es el NT5.1) manejan de forma nativa el sistema de archivos NTFS.
Pero también funcionan (al menos el XP) sobre FAT32.
NTFS es más seguro y confiable que FAT32, por eso se recomienda. Además de que si lo tenés sobre FAT32, el XP siempre va a intentar hacer un scandisk completo al arrancar el sistema.
No vas a notar nada más allá de eso, no es como si estuvieras cambiando de tema de escritorio o algo por el estilo. Si te dice que es ntfs, pues es ntfs, sin necesidad de volver a formatear.
Si querés más información, siempre podés consultar a la Wikipedia:
http://es.wikipedia.org/wiki/NTFS
Saludos.