Pues yo probaria a poner el codigo en el mismo header. Te pongo un ejemplo:
Código PHP:
<html>
<head>
<script language='JavaScript'>
function on_load(){
alert('Estoy en el onLoad');
}
alert('Estoy cargando el head');
</script>
</head>
<body onload='on_load()'>
La página
</body>
</html>
Suerte.