Hola
Nathan.
Hubiera pegado mas en Web General, aquí suelen debatirse mas precios/ideas/cuestiones legales, etc...
Respecto a tu pregunta, pues tienes muchas opciones, tantas como imaginación le eches.
Lo mas habitual -creo- es hacer una aplicación online (léase panel de control vía web) donde el cliente pueda gestionar pedidos (o lo que sea), aceptarlos, denegarlos, marcar como enviado, contactar con el cliente, eliminarlos, actualizarlos, etc... Opcionalmente avisar por correo electrónico del pedido o que se ha realizado un pedido.
También se puede hacer esto mismo mediante un programa que no sea una aplicación online, pero esto si solo sabes programar webs es mas complejo (a menos que contrates a alguien o decidas aprender).
La opción de solo enviar un correo con el pedido la veo un tanto arcaica, en el sentido de que
eso se hacía antes si acaso. Si tienes una base de datos, aprovéchala y sácale partido.
Un saludo.