Hola, que tal:
Basicamente, no diferencia, la momento de cargar. La utilizacion de los include es una cuestion metodologica de eficiencia. Es decir, si pusieras todo el codigo en una misma pagina. Seria mas dificil el modificar el codigo. Sin embargo al tenerlo en modulos (include) es mas facil modificar solo una pagina y no todas si es que tuvieses el mismo codigo en varias paginas.
Espero haber ayudado :
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