siempre y cuando guardes los documentos con la misma codificación que especificás en la META, no habrá problemas.
UTF-8 es más amplio que Latin 1 (otro nombre de iso-8859-1), tiene más caracteres y por lo tanto se puede usar para muchos más idiomas sin problemas.
Por lo demás, cualquiera de los dos son iguales en tanto que ambos aceptan los caracteres que vamos a usar como hispanoescribientes, y ambos están bien soportados. En realidad el latin1 está mejor soportado que el Unicode, pero no a nivel de navegador sino de otras aplicaciones (no muy nuevos editores de texto, por ejemplo).
En resumen: usá el que te parezca más simpático
pero tené cuidado de que coincida con la etiqueta META.
Te paso un enlace a una "pregunta frecuente" relacionada:
http://www.forosdelweb.com/showpost....&postcount=180
Saludos.