Es obligatorio parchear tanto Joomla como SMF, de lo contrario no funcionará. Es como si intentas hacer una pasarela sin atar uno de los dos extremos.
Yo tengo Joomla instalado en la raíz, y dentro de Joomla (en el mismo nivel que /components, /templates, etc) una carpeta /foro donde tengo instalado SMF.
Tienes que tener las rutas puestas correctamente para que el parche se aplique bien. Si te da error en la edición del frontend de Joomla, siempre puedes editarlo a mano, pero es más coñazo y tal. A mí no me dio errores ^^'
¡Saludos!
PS:
www.deathnote-sp.com
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Por lo visto -Wolverine también ha tenido que detener el desarrollo de su JSMF. No obstante, parece ser que habrá quien lo continúe.
http://www.joomlahacks.com/component...4/topic,4003.0