¿Debo usar .Net para ésto?

[_h2o_]

Hola a todos, es mi primer mensaje en el foro, asique antes de nada saludaros.
Estoy acabando Informática, y ésta semana he encontrado mi primera opurtunidad laboral.
Consiste en ampliar una aplicación que la empresa ya usa. El sw que desarrolle tiene que éstar enlazado con otro que ya tienen funcionando, que está programado en Visual Basic. Quieren que desde mi sw, una vez instalado, haya un enlace al otro y viceversa.
No sé en que desarrollarlo, tengo experiencia en Java, pero no se si para ésto lo mejor será VB.net (por el tema de que las librerias que necesite ya están del otro sw, que es un sw comprado).
Tampoco tengo muy claro como hacer un sw de programa, es decir, un sw que se vaya a instalar, pues siempre he hecho hasta ahora en la universidad páginas web exclusivamente. Por favor, alguien puede orientarme que utilizar, estoy perdida, supongo que por mi falta de experiencia.
Muchas gracias y un saludo a todos.