Tube un problema similar y la solución (en mi caso) fue muy simple, lo pongo por si acaso.
Sí tu página esta basado en <div> y no quieres que aparezca el más mínimo espacio entre las capas solo no dejes tu los espacios en el código ni siquiera con la tecla "Enter". Pongo un ejemplo por si no fui muy claro.
<html><head><title>tu título</title></head>
<body>
<div id="contenedor_principal">
<div id="cabecera_de_la_pagina">
CONTENIDO DE LA CABECERA
<div><div id="contenido_de_la_pagina"> NOTA QUE NO HUBO ESPACIOS ENTRE div cabecera y div contenido
<div>
<div>
</html>