Hola:
Cualquiera que haya estudiado programación (en un nivel aceptable) sabe que debe documentar el código, y un proyecto bien documentado es fácilmente modificable... y un código sin documentar y "caótico", usando la mejor librería puede ser muy difícil de modificar, así que no creo cierta tu afirmación.
Incluso, tratándose de grandes proyectos, sin duda con "código nativo" se conseguirá un código más rápido... y con menor consumo de recursos.
Lamentablemente en esto de las páginas web hay mucho intrusismo, y los códigos de la mayoría de las páginas es "horrorosamente caótico", plagado de códigos que empiezan por "MM_" (aún más caótico en mi opinión), o los típicos mensajitos (comentarios) en inglés, indicando una "dudosa procedencia"...
Pues yo creo que al que le gustan los frameworks o librerías (o como se se llamen) está bien que las usen... pero todo lo que se aporte del javascript clásico posiblemente mejore el rendimiento, y sin duda ayudará a aprender mejor el lenguaje.
Saludos
