No, no me has entendido la idea xq me temo q me he explicado mal(si es asi lo siento), las maquinas si que estan en el mismo dominio, xo son distintas, a lo mejor un servicio esta en maquina1.company.com y otra en maquina2.company.com(xo ambas en el mismo dominio). El document.domain se asigna explicitamente xa q las instancias javascript se comuniquen, xo se asignan al valor del dominio, no se hace nada raro, me explico, si en el ejemplo el document.domain es company.com, se le asigna explicitamente al document.domain el valor company.com. (Tampoco se usa distinto protocolo ni puerto como hacias en un par de ejemplos).
Lo q trato de decir es q el document.domain no es un valor incorrecto.
Podrias hacer el siguiente experimento y me cuentas q te sale?: Desde desde :
http://store.company.com/dir/page.html haces una peticion a un archivo xml q se encuentre en por ejemplo:
http://store.company.com/dir2/ejemplo.xml y lo parseas. Esto no deberia de darte ningun problema. (te daba success)
A continuacion haz el mismo experimento xo asignale document.domain con el valor company.com(q es el valor correcto de domain), a ver si la prueba tiene exito.
Ante todo muchas gracias por tu interes!!!!