Hola MaBoRaK.
Lo he probado... creo que lo que ralentiza la creación con innerHTML es tener que acceder a él en cada iteración del bucle.
Si hacemos en el bucle:
Código PHP:
for(var i=0, cadena="";i<1000;i++)
{
cadena+="<span></span>"
}
t.innerHTML+=cadena;
Entonces va mucho más rápido (como debería ser).
Otro detalle es sacar fuera del bucle
endTime, si no te lo va modificar en cada iteración, y con extraerlo al final de las iteraciones ya es suficiente!
Bueno, y si lo que querías probar es realmente el tiempo accediendo a innerHTML, ya ves que es monstruosamente lento.
Un saludo.