Problemas con fds2 y linux

[azulisima]

Hola gracias ya instale el fds siguiendo las intrucciones de la documentacion, bueno ahora tengo otro peoblema la aplicacion que quieren en mi servidor funciona si la ponen en webapss/samples/miaplicacion dentro de tomcat, pero porque no funciona directamente en /webapps/miaplicacion, tengo que configura algo no entiendo yo estoy dando el soporte al servidor pero yo no hago la aplicacion asi que copie tal i como esta en samples la que funciona y la copie a una carpe de pruebas dentro de webapps y no funciona.
Alguien me puede ayudar ewstoy leyendo la documentacion pero no me queda claro
Gracias anticipadamente