Se podría cortar ese primer frame, pero claro si nada más mover la barrita el programa peta... pues eso
De todas formas prueba, abre el vídeo y acto seguido pulsa el botón de la llave amarilla del lado derecho, si funciona el cursor se colocará sobre el frame 2. Le das a la marca de inicio de sección (el 2º botón por la derecha), te vas al final (el botón que está al lado de la llave amarilla izquierda), y pulsas la marca de fin de sección (el de más a la derecha). Luego Video -> Direct stream copy, y File -> Save as...
Si el programa se muere, haz otra prueba. Desinstala el codec xvid y realiza de nuevo los pasos. Al cargar el vídeo el virtualdubmod se "quejará", y no tendrás la vista previa del vídeo, pero dado que trabaja en direct stream copy en teoría puede funcionar.
