Ahí está, lo que sospechaba

Es un fallo del empaquetamiento de los frames.
El vídeo que está mal no empieza por un Keyframe, si te fijas en la ventana de los cuadritos de colores empieza por uno verde (un frame bidireccional, o frame B) en vez de uno marrón (keyframe, o frame I). Los frames B se construyen tomando como referencia un frame pasado y un frame futuro, ambos pueden ser marrones (keyframes) o azules (frames predictivos, o frames P), y en este caso sólo tiene la referencia futura pero no la pasada, eso puede estar confundiendo al codec y lo hace petar...
El propio gspot, en la ventanita que te mostré, si activas el segundo de los botones empezando por la izquierda te muestra las dependencias de todos los frames B. Sería interesante ver qué sale en ese caso particular, donde no existe la referencia pasada...
Obviamente el vídeo que sí funciona empieza por un keyframe, que es como debería ser, y por eso no hay motivo para que pete. Igual pasa en la captura que puse yo, también empieza por un keyframe.
Mi opinión es que ese fallo del empaquetamiento no debería hacer petar el codec, pero el caso es que lo hace...

En cualquier caso la culpa es del que comprimió ese vídeo, se le olvidó marcar una opción en la configuración del codec que evita esto...
Un saludo