Hola cala932!
Pues mira yo trabajo con xampp para realizar mis proyectos, y realizo el diseño de mis DB con DBdesigner. Hasta ahora simplemente las diseño y ya! no me pongo a hacer lo de las concexiones y nada de eso. Me preocupo solo por obtener el script de la DB .sql.
Eso de la configuración de DBdesigner para Mysql, búscalo en google o en la página oficial, aunque creo que te estarías complicando

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Saludos!