Hola, yo te recomendaria la opcion 1, por los siguientes motivos:
Si tu tienes varios subdominios puedes confundir al pontencial cliente ya que los puede ver como si fueran marcas distintas y perder el peso de una sola.
Dos páginas es muy poco para crear una web independiente para cada una.
Lo otro es que no puedes ponerlos en un reseller ya que cada una debe tener un IP diferente para que lo tomen en cuenta, de lo contrario lo pueden confunfir con Spam.
Por el resto, cuando crees tus carpetas, trata que tanto estas como tus paginas tengan los nombres mas descriptivos posibles que quieras usar para posicionarte, esto te va a ayudar.
Lo otro es que consigas enlaces para cada carpeta, es decir:
www.tudominio.com/carpeta/
Una buena estructuracion de tus paginas te garantiza una buena parte del posicionamiento
