...mmm... no sé, pero huele a que los archivos de estructura de tu base de datos han caído fulminados por algún rayo cibernético...
No, ahora en serio: Yo empezaría por mirar en la carpeta 'data' de tu instalación de mySQL. Ahí deberías tener un subdirectorio con el nombre de tu base de datos y dentro del subdirectorio unos archivos .FRM que contienen la estructura de cada una de las tablas de la base de datos. Si eso no existe o falta alguna de las tablas, ya tienes el problema.
ATENCIÓN: puede ser que se haya 'eliminado' la estructura de la tabla pero que en el fichero de datos (normalmente ibDATA1) todavía existan los datos de esa tabla.